Ticket #16241: Portfile-ncbi_tools.diff

File Portfile-ncbi_tools.diff, 5.7 KB (added by mike.thon@…, 16 years ago)

  • Portfile

    old new  
    11# $Id: Portfile 38755 2008-07-30 09:45:20Z ryandesign@macports.org $
     2
    23PortSystem 1.0
    3 name            ncbi_tools
    4 version         20070826
    5 description     blast is a set of tools for doing nucleotide and protein searches
    6 maintainers     michael.thon@yahoo.com
    7 categories      science
    8 platforms       darwin
    9 homepage        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
    10 fetch.use_epsv  no
    11 master_sites    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/old/20070822
     4
     5name            ncbi_tools
     6version         20080302
     7description     blast is a set of tools for doing nucleotide and protein searches
     8maintainers     mike.thon@gmail.com
     9categories      science
     10platforms       darwin
     11homepage        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
     12fetch.use_epsv  no
     13master_sites    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/old/20080302
    1214distfiles       ncbi.tar.gz
    13 checksums       md5 c17f7b08c12823e4320661894110dcb1
     15checksums       md5 f8de9d7264aed7de1d87d2185df2e07c
    1416dist_subdir     ${name}/${version}
    15 worksrcdir     
     17worksrcdir
    1618use_configure   no
    1719build.cmd       './ncbi/make/makedis.csh'
    1820build.target
    19 set binaries    "Psequin          blastclust       findspl          psiblast.REAL \
    20 asn2ff           blastpgp         formatdb         psiblast_cs.REAL \
    21 asn2gb           cdscan           formatrpsdb      rpsblast \
    22 asn2idx          checksub         gene2xml         sbtedit \
    23 asn2xml          copymat          getmesh          seedtop \
    24 asndhuff         ddv              getpub           seqtest \
    25 asntool          debruijn         gil2bin          tbl2asn \
    26 bl2bag.cgi       demo_regexp      idfetch          test_regexp \
    27 bl2seq           demo_regexp_grep impala           testcore \
    28 blast            dosimple         indexpub         testobj \
    29 blast.REAL       entrcmd          makemat          testval \
    30 blast_cs.REAL    entrez2          makeset          udv \
    31 blastall         errhdr           megablast        vecscreen \
    32 blastall_old     fa2htgs          ncbisort         wblast2.REAL \
    33 blastcl3         fastacmd         nph-viewgif.cgi  wblast2_cs.REAL"
    34 
    35 set manpages    " Nentrez.1       blastall_old.1  findspl.1       makeset.1 \
    36 Psequin.1       blastcl3.1      fmerge.1        megablast.1 \
    37 asn2all.1       blastclust.1    formatdb.1      netentcf.1 \
    38 asn2asn.1       blastpgp.1      formatrpsdb.1   nps2gps.1 \
    39 asn2ff.1        cdscan.1        gbseqget.1      rpsblast.1 \
    40 asn2fsa.1       checksub.1      gene2xml.1      sbtedit.1 \
    41 asn2gb.1        cleanasn.1      getfeat.1       seedtop.1 \
    42 asn2idx.1       copymat.1       getmesh.1       sortbyquote.1 \
    43 asn2xml.1       ddv.1           getpub.1        spidey.1 \
    44 asndhuff.1      debruijn.1      gil2bin.1       tbl2asn.1 \
    45 asntool.1       entrcmd.1       idfetch.1       trna2sap.1 \
    46 asnval.1        entrez2.1       impala.1        trna2tbl.1 \
    47 bl2seq.1        errhdr.1        indexpub.1      udv.1 \
    48 blast.1         fa2htgs.1       insdseqget.1    vecscreen.1 \
    49 blastall.1      fastacmd.1      makemat.1"
     21set binaries    "Psequin          blastall         dosimple         gil2bin          sbtedit \
     22asn2ff           blastall_old     entrcmd          idfetch          seedtop \
     23asn2gb           blastcl3         entrez2          impala           seqtest \
     24asn2idx          blastclust       errhdr           indexpub         tbl2asn \
     25asn2xml          blastpgp         fa2htgs          makemat          test_regexp \
     26asndhuff         cdscan           fastacmd         makeset          testcore \
     27asntool          checksub         findspl          megablast        testobj \
     28bl2bag.cgi       copymat          formatdb         ncbisort         testval \
     29bl2seq           ddv              formatrpsdb      nph-viewgif.cgi  udv \
     30blast            debruijn         gene2xml         psiblast.REAL    vecscreen \
     31blast.REAL       demo_regexp      getmesh          psiblast_cs.REAL wblast2.REAL \
     32blast_cs.REAL    demo_regexp_grep getpub           rpsblast         wblast2_cs.REAL"
    5033
     34set manpages    "Psequin.1       asnval.1        cleanasn.1      formatdb.1      insdseqget.1    tbl2asn.1 \
     35asn2all.1       bl2seq.1        copymat.1       formatrpsdb.1   makemat.1       trna2sap.1 \
     36asn2asn.1       blast.1         ddv.1           gbseqget.1      makeset.1       trna2tbl.1 \
     37asn2ff.1        blastall.1      debruijn.1      gene2xml.1      megablast.1     udv.1 \
     38asn2fsa.1       blastall_old.1  entrez2.1       getmesh.1       nps2gps.1       vecscreen.1 \
     39asn2gb.1        blastcl3.1      errhdr.1        getpub.1        rpsblast.1 \
     40asn2idx.1       blastclust.1    fa2htgs.1       gil2bin.1       sbtedit.1 \
     41asn2xml.1       blastpgp.1      fastacmd.1      idfetch.1       seedtop.1 \
     42asndhuff.1      cdscan.1        findspl.1       impala.1        sortbyquote.1 \
     43asntool.1       checksub.1      fmerge.1        indexpub.1      spidey.1"
    5144
    5245destroot {
    53         xinstall -d 755 ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
    54         file copy ${worksrcpath}/ncbi/doc ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
    55         foreach binary ${binaries} {
    56                 xinstall -m 755 ${worksrcpath}/ncbi/bin/${binary} ${destroot}${prefix}/bin/
    57         }
    58         foreach manpage ${manpages} {
    59                 xinstall -m 444 ${worksrcpath}/ncbi/doc/man/${manpage} ${destroot}${prefix}/share/man/man1/
    60         }
     46    xinstall -m 755 -d ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
     47    file copy ${worksrcpath}/ncbi/doc ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
     48    foreach binary ${binaries} {
     49        xinstall -m 755 ${worksrcpath}/ncbi/bin/${binary} ${destroot}${prefix}/bin/
     50    }
     51    foreach manpage ${manpages} {
     52        xinstall -m 444 ${worksrcpath}/ncbi/doc/man/${manpage} ${destroot}${prefix}/share/man/man1/
     53    }
    6154}
    6255
    63 long_description        ${description}
    64 livecheck.check         moddate
    65 
     56long_description    ${description}
     57livecheck.check     moddate