Ticket #27910: pdb2pqr-ryandesign.diff

File pdb2pqr-ryandesign.diff, 2.2 KB (added by ryandesign (Ryan Carsten Schmidt), 14 years ago)

proposed patch

  • Portfile

     
    55PortGroup           python26 1.0
    66
    77name                pdb2pqr
    8 version             1.5
     8version             1.7
    99categories          science
    1010maintainers         bromo.med.uc.edu:howarth
    1111description         automate Poisson-Boltzmann electrostatics calculations
    … …  
    1616homepage            http://pdb2pqr.sourceforge.net/
    1717platforms           darwin
    1818master_sites        sourceforge
    19 checksums           md5     942d08e17b3987f756e3085f6ce83fbe \
    20                     sha1    5249064cf4ebfb2291a382121ecea4d457e65e6a \
    21                     rmd160  543545513811bae058e23cfe1f24e02eaa094b87
     19checksums           md5     058622cb2ca6ca12af04d4f11b272951 \
     20                    sha1    df2bf4303dbc64b69a20d48331386d8c08c234f1 \
     21                    rmd160  df95763ab1be44b14f07d351eb6d79f1153043d4
    2222use_parallel_build  no
    2323use_configure       yes
    2424build.cmd           make
    2525build.target        all
    26 depends_lib         port:gcc44 \
     26depends_lib         port:gcc45 \
    2727                    port:py26-numeric
    2828post-patch {
    29     reinplace   "s|fort xlf95 lf95 g95|gfortran-mp-4.4|g" ${worksrcpath}/propka/configure
    30     reinplace   "s|/usr/bin/python|${python.bin}|g" ${worksrcpath}/pdb2pka/pka.py \
    31                                                     ${worksrcpath}/src/psize.py
     29    reinplace   "s|fort xlf95 lf95 g95|gfortran-mp-4.5|g" ${worksrcpath}/propka/configure
     30    reinplace   "s|/usr/bin/env python|${python.bin}|g" ${worksrcpath}/pdb2pka/pka.py
     31    reinplace   "s|/usr/bin/python|${python.bin}|g" ${worksrcpath}/src/psize.py
    3232    reinplace   "s|-Wl,-framework -Wl,Python -bundle|${python.lib}  -bundle|g" \
    3333                                                    ${worksrcpath}/configure \
    3434                                                    ${worksrcpath}/propka/configure
    3535    delete      ${worksrcpath}/contrib
    3636}
    3737configure.args      --with-max-atoms="1000000" --without-url --with-python=${python.bin} \
    38                     -with-f77=gfortran-mp-4.4
     38                    -with-f77=gfortran-mp-4.5
    3939destroot {
    4040      system "find ${worksrcpath} -name '*.o' -delete"
    4141      file mkdir ${destroot}${prefix}/share/{name}