Ticket #40436: patch-Drosophila-python.em.diff

File patch-Drosophila-python.em.diff, 5.7 KB (added by ynaito@…, 11 years ago)

patch for ./doc/samples/Drosophila/Drosophila-python.em

  • ./doc/samples/Drosophila/Drosophila-python.em

    old new  
    44
    55@{
    66VOLUME = 1e-18
    7 N_A = 6.02e+23
     7N_A = 6.0221367e+23
    88}
    99
    1010Stepper ODEStepper( DE )
    … …  
    2828        StepperID       DE;
    2929       
    3030        Variable Variable( SIZE )
    31         {       
    32                 Value   @(VOLUME);
    33         }
     31        {       
     32                Value   @(VOLUME);
     33        }
    3434
    3535        Variable Variable( M )
    3636        {
    … …  
    5959       
    6060        Process PythonProcess( R_toy1 )
    6161        {
    62                 IsContinuous    1;
    63                 InitializeMethod "vs = 0.76; KI = 1;";
    64                 FireMethod "self.Flux = ( (vs*KI) / (KI + (C0.variable.MolarConc * C0.variable.MolarConc * C0.variable.MolarConc) ) * self.superSystem.SizeN_A )";
    65 
    66                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:M 1 ] [ C0 Variable:.:Pn ];
     62                IsContinuous  1;
     63                VariableReferenceList
     64                        [ P0 Variable:.:M  1 ]
     65                        [ C0 Variable:.:Pn 0 ];
     66
     67                InitializeMethod  '''
     68vs  = 0.76
     69KI  = 1.0
     70vC0 = C0.variable
     71''';
     72
     73                FireMethod  '''
     74CC0 = vC0.MolarConc
     75self.Flux = ( vs * KI ) / ( KI + ( CC0 * CC0 * CC0 )) * self.superSystem.SizeN_A
     76''';
    6777        }
    6878       
    6979        Process PythonProcess( R_toy2 )
    7080        {
    71                 IsContinuous    1;
    72                 InitializeMethod "vm = 0.65; Km = 0.5;";
    73                 FireMethod "self.Flux = ( (vm * S0.variable.MolarConc) / ( Km + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     81                IsContinuous  1;
     82                VariableReferenceList
     83                        [ S0 Variable:.:M -1 ];
     84
     85                InitializeMethod '''
     86vm = 0.65
     87Km = 0.5
     88vS0 = S0.variable
     89''';
     90
     91                FireMethod '''
     92self.Flux = ( vm * vS0.Value ) / ( Km + vS0.MolarConc )
     93''';
    7494
    75                 VariableReferenceList   [ S0 Variable:.:M -1 ];
    7695        }
    7796       
    7897        Process PythonProcess( R_toy3 )
    7998        {
    80                 IsContinuous    1;
    81                 InitializeMethod "Ks = 0.38;";
    82                 FireMethod "self.Flux = ( (Ks * C0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     99                IsContinuous  1;
     100                VariableReferenceList
     101                        [ P0 Variable:.:P0 1 ]
     102                        [ C0 Variable:.:M  0 ];
     103
     104                InitializeMethod '''
     105Ks  = 0.38
     106vC0 = C0.variable
     107''';
     108
     109                FireMethod '''
     110self.Flux = Ks * vC0.Value
     111''';
    83112
    84                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P0 1 ] [ C0 Variable:.:M 0 ];
    85113        }
    86114       
    87115        Process PythonProcess( R_toy4 )
    88116        {
    89                 IsContinuous    1;
    90                 InitializeMethod "V1 = 3.2; K1 = 2;";
    91                 FireMethod "self.Flux = ( ( V1 * S0.variable.MolarConc) / (K1 + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     117                IsContinuous  1;
     118                VariableReferenceList
     119                        [ P0 Variable:.:P1  1 ]
     120                        [ S0 Variable:.:P0 -1 ];
     121
     122                InitializeMethod '''
     123V1 = 3.2
     124K1 = 2.0
     125vS0 = S0.variable
     126''';
     127
     128                FireMethod '''
     129self.Flux = ( V1 * vS0.Value ) / ( K1 + vS0.MolarConc )
     130''';
    92131
    93                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P1 1 ] [ S0 Variable:.:P0 -1 ];
    94132        }
    95133       
    96134        Process PythonProcess( R_toy5 )
    97135        {
    98                 IsContinuous    1;
    99                 InitializeMethod "V2 = 1.58; K2 = 2;";
    100                 FireMethod "self.Flux = ( (V2 * S0.variable.MolarConc) / (K2 + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     136                IsContinuous  1;
     137                VariableReferenceList
     138                        [ P0 Variable:.:P0  1 ]
     139                        [ S0 Variable:.:P1 -1 ];
     140
     141                InitializeMethod '''
     142V2 = 1.58
     143K2 = 2.0
     144vS0 = S0.variable
     145''';
     146
     147                FireMethod '''
     148self.Flux = ( V2 * vS0.Value ) / ( K2 + vS0.MolarConc )
     149''';
    101150
    102                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P0 1 ] [ S0 Variable:.:P1 -1 ];
    103151        }
    104152       
    105153        Process PythonProcess( R_toy6 )
    106154        {
    107                 IsContinuous    1;
    108                 InitializeMethod "V3 = 5; K3 = 2;";
    109                 FireMethod "self.Flux = ( ( V3 * S0.variable.MolarConc) / (K3 + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     155                IsContinuous  1;
     156                VariableReferenceList
     157                        [ P0 Variable:.:P2  1 ]
     158                        [ S0 Variable:.:P1 -1];
     159
     160                InitializeMethod '''
     161V3 = 5.0
     162K3 = 2.0
     163vS0 = S0.variable
     164''';
     165
     166                FireMethod '''
     167self.Flux = ( V3 * vS0.Value ) / ( K3 + vS0.MolarConc )
     168''';
    110169
    111                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P2 1 ] [ S0 Variable:.:P1 -1];
    112170        }
    113171       
    114172        Process PythonProcess( R_toy7 )
    115173        {
    116                 IsContinuous    1;
    117                 InitializeMethod "V4 = 2.5; K4 = 2;";
    118                 FireMethod "self.Flux = ( (V4 * S0.variable.MolarConc) / (K4 + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     174                IsContinuous  1;
     175                VariableReferenceList
     176                        [ P0 Variable:.:P1  1 ]
     177                        [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
     178
     179                InitializeMethod '''
     180V4 = 2.5
     181K4 = 2.0
     182vS0 = S0.variable
     183''';
     184
     185                FireMethod '''
     186self.Flux = ( V4 * vS0.Value ) / ( K4 + vS0.MolarConc )
     187''';
    119188
    120                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P1 1 ] [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
    121189        }
    122190                       
    123191        Process PythonProcess( R_toy8 )
    124192        {
    125                 IsContinuous    1;
    126                 InitializeMethod "k1 = 1.9;";
    127                 FireMethod "self.Flux = ( ( k1 * S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     193                IsContinuous  1;
     194                VariableReferenceList
     195                        [ P0 Variable:.:Pn  1 ]
     196                        [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
     197
     198                InitializeMethod '''
     199k1 = 1.9
     200vS0 = S0.variable
     201''';
     202
     203                FireMethod '''
     204self.Flux = k1 * vS0.Value
     205''';
    128206
    129                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:Pn 1 ] [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
    130207        }
    131208       
    132209        Process PythonProcess( R_toy9 )
    133210        {
    134                 IsContinuous    1;
    135                 InitializeMethod "k2 = 1.3;";
    136                 FireMethod "self.Flux = ( (k2 * S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     211                IsContinuous  1;
     212                VariableReferenceList
     213                        [ P0 Variable:.:P2  1 ]
     214                        [ S0 Variable:.:Pn -1 ];
     215
     216                InitializeMethod '''
     217k2 = 1.3
     218vS0 = S0.variable
     219''';
     220
     221                FireMethod '''
     222self.Flux = k2 * vS0.Value
     223''';
    137224
    138                 VariableReferenceList   [ P0 Variable:.:P2 1 ] [ S0 Variable:.:Pn -1 ];
    139225        }
    140226       
    141227        Process PythonProcess( R_toy10 )
    142228        {
    143                 IsContinuous    1;
    144                 InitializeMethod "vd = 0.95; Kd = 0.2;";
    145                 FireMethod "self.Flux = ( ( vd * S0.variable.MolarConc) / (Kd + S0.variable.MolarConc) * self.superSystem.SizeN_A )";
     229                IsContinuous  1;
     230                VariableReferenceList
     231                        [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
     232
     233                InitializeMethod '''
     234vd = 0.95
     235Kd = 0.2
     236vS0 = S0.variable
     237''';
     238
     239                FireMethod '''
     240self.Flux = ( vd * vS0.Value) / ( Kd + vS0.MolarConc )
     241''';
    146242
    147                 VariableReferenceList   [ S0 Variable:.:P2 -1 ];
    148243        }       
    149244       
    150245}