Ticket #41956: Portfile-bedtools.diff

File Portfile-bedtools.diff, 2.4 KB (added by arjanvandervelde (Arjan van der Velde), 11 years ago)

  • Portfile

    old new  
    22# $Id: Portfile 113565 2013-11-20 00:12:25Z ryandesign@macports.org $
    33
    44PortSystem          1.0
     5PortGroup           github 1.0
     6github.setup        arq5x bedtools2 2.18.1 v
    57
    68name                bedtools
    7 version             2.17.0
    8 revision            1
     9revision            0
    910categories          science
    1011platforms           darwin
    1112maintainers         gmail.com:vandervelde.ag openmaintainer
    … …  
    1819                    The utilities are largely based on four widely-used file formats: \
    1920                    BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM.
    2021
    21 homepage            https://code.google.com/p/bedtools/
    22 master_sites        googlecode
    23 distname            BEDTools.v${version}
    24 worksrcdir          ${name}-${version}
    25 
    26 checksums           sha1    1b1de3c35394a423f9ad98a9957a8853b426a578 \
    27                     rmd160  dccc7dc02dd0519977e30f83a0d49c9f9b0e0ca9 \
    28                     sha256  6dcfacdcbccc968e872b81ba1f37a086b1bcc486571582ed595db717e924d0fe
     22checksums           sha1    9aae2e52c4d51e07e7127a97960fd7e60ac06cd8 \
     23                    rmd160  b54d232c461a47c2a4554696b5006619b459d0c4 \
     24                    sha256  04e447e84d57a4d1b92f01ebdd957df1a260214bf78362c39932f76a0e492fca
     25
     26patchfiles          patch-Makefile.diff
    2927
    3028depends_build       port:py27-sphinx
    3129
    … …  
    3533
    3634variant universal {}
    3735
    38 configure.cflags-append -std=gnu89
    39 build.args          CC=${configure.cc} \
    40                     CFLAGS="-g -Wall ${configure.cflags} [get_canonical_archflags cc]"
     36configure.optflags  -O2
     37configure.cxxflags-append -Wall -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -fPIC
     38build.args          CXX=${configure.cxx} \
     39                    CXXFLAGS="${configure.cxxflags} [get_canonical_archflags cxx]"
     40
    4141use_parallel_build  no
    4242
    4343post-build {
     44    system -W ${worksrcpath}/docs "make SPHINXBUILD=${prefix}/bin/sphinx-build-2.7 html"
    4445    system -W ${worksrcpath}/docs "make SPHINXBUILD=${prefix}/bin/sphinx-build-2.7 man"
    4546}
    4647
    … …  
    5253        LICENSE README.rst RELEASE_HISTORY \
    5354        ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}
    5455    eval xinstall -m 644 [glob ${worksrcpath}/genomes/*] ${destroot}${prefix}/share/${name}/genomes/
     56    copy ${worksrcpath}/docs/_build/html ${destroot}${prefix}/share/doc/${name}/html
    5557    xinstall -m 644 ${worksrcpath}/docs/_build/man/bedtools.1 ${destroot}${prefix}/share/man/man1
    5658}