Ticket #42860: pymol-clang.diff

File pymol-clang.diff, 22.7 KB (added by mtiberti (Matteo Tiberti), 11 years ago)
Line 
1Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c
2===================================================================
3--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c  (revision 4073)
4+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/gamessplugin.c  (working copy)
5@@ -375,7 +375,7 @@
6                   const char *filetype, int *natoms) {
7 
8   FILE *fd;
9-  qmdata_t *data;
10+  qmdata_t *data = NULL;
11   gmsdata *gms;
12 
13   /* open the input file */
14Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp
15===================================================================
16--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp (revision 4073)
17+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/graspplugin.cpp (working copy)
18@@ -104,7 +104,7 @@
19 
20   ///ojo aqui le quite el  !
21   if ((grassp->flag)!=POTENTIALS) {
22-    if (index >=0 && index <= 4)
23+    if (index <= 4)
24       printf("graspplugin) No data available for '%s' option\n", name[index]);
25     else
26       printf("graspplugin) out of range property, flag: %d index: %d\n", grassp->flag, index);
27Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp
28===================================================================
29--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp (revision 4073)
30+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/maeffplugin.cpp (working copy)
31@@ -1983,7 +1983,7 @@
32       }
33     }
34     catch (std::exception &e) {
35-      fprintf(stderr, e.what());
36+      fprintf(stderr, "%s", e.what());
37       return MOLFILE_ERROR;
38     }
39     return MOLFILE_SUCCESS;
40Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c
41===================================================================
42--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c  (revision 4073)
43+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/moldenplugin.c  (working copy)
44@@ -99,7 +99,7 @@
45                               const char *filetype,
46                               int *natoms) {
47   FILE *fd;
48-  qmdata_t *data;
49+  qmdata_t *data = NULL;
50   moldendata_t *moldendata;
51   char buffer[1024];
52   char keystring[20];
53Index: contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp
54===================================================================
55--- contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp  (revision 4073)
56+++ contrib/uiuc/plugins/molfile_plugin/src/pbeqplugin.cpp  (working copy)
57@@ -259,7 +259,7 @@
58         int addr = z*nclx*ncly + y*nclx + x;
59         if (fread(datablock + addr, 4, 1, fd) != 1) {
60           printf("pbeqplugin) Error reading potential map cell: %d,%d,%d\n", x, y, z);
61-          printf("pbeqplugin) offset: %d\n", ftell(fd));
62+          printf("pbeqplugin) offset: %ld\n", ftell(fd));
63           return MOLFILE_ERROR;
64         }
65         count++;
66Index: layer0/Map.c
67===================================================================
68--- layer0/Map.c  (revision 4073)
69+++ layer0/Map.c  (working copy)
70@@ -588,7 +588,7 @@
71   register int *link = I->Link;
72   register int st, flag;
73   register int *i_ptr3, *i_ptr4, *i_ptr5;
74-  register int *e_list;
75+  register int *e_list = NULL;
76 #ifdef _MemoryCache_ON
77   register int block_offset = I->block_base + cCache_map_elist_offset;
78   register int group_id = I->group_id;
79Index: layer0/ShaderMgr.c
80===================================================================
81--- layer0/ShaderMgr.c  (revision 4073)
82+++ layer0/ShaderMgr.c  (working copy)
83@@ -151,7 +151,7 @@
84     while (replaceStrings[i]){
85       slen = strlen(replaceStrings[i]);
86       rlen = strlen(replaceStrings[i+1]);
87-      while(rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i])){
88+      while((rstr=strstr(dest_line, replaceStrings[i]))){
89        strcpy(tmp_line, rstr + slen);
90        strcpy(rstr, replaceStrings[i+1]);
91        strcpy(rstr+rlen, tmp_line);
92@@ -499,15 +499,15 @@
93   if (I){
94     GLenum err ;
95     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
96-    if (err = glGetError()){
97+    if ((err = glGetError())){
98       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
99     }
100     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_NORMAL, "a_Normal");
101-    if (err = glGetError()){
102+    if ((err = glGetError())){
103       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Normal: %d\n", err ENDFB(G);
104     }
105     glBindAttribLocation(I->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
106-    if (err = glGetError()){
107+    if ((err = glGetError())){
108       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
109     }
110     CShaderPrg_Link(I);
111@@ -538,19 +538,19 @@
112   if (I){
113     GLenum err ;
114     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_ORIGIN, "attr_origin");
115-    if (err = glGetError()){
116+    if ((err = glGetError())){
117       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_origin: %d\n", err ENDFB(G);
118     }
119     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_AXIS, "attr_axis");
120-    if (err = glGetError()){
121+    if ((err = glGetError())){
122       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_axis: %d\n", err ENDFB(G);
123     }
124     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR, "attr_color");
125-    if (err = glGetError()){
126+    if ((err = glGetError())){
127       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color: %d\n", err ENDFB(G);
128     }
129     glBindAttribLocation(I->id, CYLINDER_COLOR2, "attr_color2");
130-    if (err = glGetError()){
131+    if ((err = glGetError())){
132       PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: attr_color2: %d\n", err ENDFB(G);
133     }
134     CShaderPrg_Link(I);         
135@@ -873,11 +873,11 @@
136     if (indicatorShader){
137       GLenum err ;
138       glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_POS, "a_Vertex");
139-      if (err = glGetError()){
140+      if ((err = glGetError())){
141        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Vertex: %d\n", err ENDFB(G);
142       }
143       glBindAttribLocation(indicatorShader->id, VERTEX_COLOR, "a_Color");
144-      if (err = glGetError()){
145+      if ((err = glGetError())){
146        PRINTFB(G, FB_ShaderMgr, FB_Warnings) "GLERROR: a_Color: %d\n", err ENDFB(G);
147       }
148       CShaderPrg_Link(indicatorShader);       
149Index: layer1/Basis.c
150===================================================================
151--- layer1/Basis.c  (revision 4073)
152+++ layer1/Basis.c  (working copy)
153@@ -2868,11 +2868,11 @@
154   float ll;
155   CPrimitive *prm;
156   register int i;
157-  register int *tempRef;
158-  int n, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
159+  register int *tempRef = NULL;
160+  int n = 0, h, q, x, y, z, j, k, l, e;
161   int extra_vert = 0;
162   float p[3], dd[3], *d1, *d2, vd[3], cx[3], cy[3];
163-  float *tempVertex;
164+  float *tempVertex = NULL;
165   float xs, ys;
166   int remapMode = true;         /* remap mode means that some objects will span more
167                                  * than one voxel, so we have to worry about populating
168Index: layer1/CGO.c
169===================================================================
170--- layer1/CGO.c  (revision 4073)
171+++ layer1/CGO.c  (working copy)
172@@ -47,7 +47,7 @@
173 #define CLIP_NORMAL_VALUE(cv)  ((cv>1.f) ? 127 :  (cv < -1.f) ? -128 : pymol_roundf(((cv + 1.f)/2.f) * 255) - 128 )
174 
175 #define CHECK_GL_ERROR_OK(printstr)    \
176-  if (err = glGetError()){    \
177+  if ((err = glGetError())){    \
178      PRINTFB(I->G, FB_CGO, FB_Errors) printstr, err ENDFB(I->G);          \
179   }
180 
181@@ -2310,7 +2310,7 @@
182   *num_total_vertices = 0;
183   *num_total_indexes = 0;
184 
185-  while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
186+  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
187     save_pc = pc;
188     err = 0;
189     switch (op) {
190@@ -4368,7 +4368,7 @@
191     GL_C_INT_TYPE *indexVals = 0;
192     int tot = 4 * 4 * 3 * num_total_cylinders;
193     short copyToLeftOver, copyColorToLeftOver, copyPickColorToLeftOver, copyAlphaToLeftOver, copyToReturnCGO ;
194-    float *org_originVals;
195+    float *org_originVals= NULL;
196     float *org_axisVals;
197     float *org_colorVals;
198     float *org_color2Vals = NULL;
199@@ -7135,7 +7135,7 @@
200   int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
201   float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
202   CShaderPrg * shaderPrg;
203-  int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
204+  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
205   copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
206   copy3f(*pc+3, screenMin);
207   copy3f(*pc+6, screenMax);
208@@ -7176,7 +7176,7 @@
209   int  texture_id = CGO_get_int(*pc);
210   float worldPos[4], screenMin[3], screenMax[3], textExtent[4];
211   CShaderPrg * shaderPrg;
212-  int buf1, buf2, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
213+  int buf1 = 0, buf2 = 0, attr_worldpos, attr_screenoffset, attr_texcoords;
214   copy3f(*pc, worldPos);  worldPos[3] = 1.f;
215   copy3f(*pc+3, screenMin);
216   copy3f(*pc+6, screenMax);
217@@ -9564,7 +9564,7 @@
218 int CGOChangeShadersTo(CGO *I, int frommode, int tomode){
219   register float *pc = I->op;
220   int op = 0, totops = 0;
221-  while(op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc))) {
222+  while((op = (CGO_MASK & CGO_read_int(pc)))) {
223     totops++;
224     switch (op) {
225     case CGO_ENABLE:
226Index: layer1/Control.c
227===================================================================
228--- layer1/Control.c  (revision 4073)
229+++ layer1/Control.c  (working copy)
230@@ -637,7 +637,7 @@
231       but_bottom = y - (cControlBoxSize - 1);
232       but_height = cControlBoxSize;
233 
234-      if((but_num == I->Active)) {
235+      if(but_num == I->Active) {
236         draw_button(but_left, but_bottom,
237                     but_width, but_height, lightEdge, darkEdge, pushed ORTHOCGOARGVAR);
238       } else if(((but_num == 6) && (SettingGetGlobal_b(G, cSetting_seq_view))) ||
239Index: layer1/Extrude.c
240===================================================================
241--- layer1/Extrude.c  (revision 4073)
242+++ layer1/Extrude.c  (working copy)
243@@ -687,7 +687,7 @@
244   float *v;
245   float *n;
246   float *c;
247-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
248+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
249   float v0[3];
250   int start, stop;
251   int ok = true;
252@@ -1387,7 +1387,7 @@
253   float *v;
254   float *n;
255   float *c;
256-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
257+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
258   float v0[3];
259   int ok = true;
260 
261@@ -1705,7 +1705,7 @@
262   float *v;
263   float *n;
264   float *c;
265-  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN;
266+  float *sv, *sn, *tv, *tn, *tv1, *tn1, *TV, *TN = NULL;
267   float v0[3], n0[3], s0[3], z[3] = { 1.0, 0.0, 1.0 };
268   int subN;
269   int ok = true;
270Index: layer1/Ortho.c
271===================================================================
272--- layer1/Ortho.c  (revision 4073)
273+++ layer1/Ortho.c  (working copy)
274@@ -1020,7 +1020,7 @@
275         curLine = I->CurLine & OrthoSaveLines;
276         if(I->PromptChar) {
277           strcpy(buffer, I->Line[curLine]);
278-          if(PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar));      /* just print, don't complete */
279+          PComplete(G, buffer + I->PromptChar, sizeof(OrthoLineType) - I->PromptChar);      /* just print, don't complete */
280         }
281       }
282       break;
283@@ -1400,7 +1400,7 @@
284 
285   {
286     if (!I->bgCGO) {
287-      CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2;
288+      CGO *cgo = CGONew(G), *cgo2 = NULL;
289       ok &= CGOBegin(cgo, GL_TRIANGLE_STRIP);
290       if (ok)
291        ok &= CGOVertex(cgo, -1.f, -1.f, 0.98f);
292Index: layer1/P.c
293===================================================================
294--- layer1/P.c  (revision 4073)
295+++ layer1/P.c  (working copy)
296@@ -2632,7 +2632,7 @@
297       /* don't run if we're currently banned */
298       char *buffer = 0;
299       int size, curSize = 0;
300-      while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
301+      while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
302        if (!curSize){
303          buffer = VLACalloc(char, size);
304          curSize = size;
305@@ -2676,7 +2676,7 @@
306   int did_work = false;
307   char *buffer = 0;
308   int size, curSize = 0;
309-  while(size = OrthoCommandOutSize(G)){
310+  while((size = OrthoCommandOutSize(G))){
311     if (!curSize){
312       buffer = VLACalloc(char, size);
313       curSize = size;
314Index: layer1/Scene.c
315===================================================================
316--- layer1/Scene.c  (revision 4073)
317+++ layer1/Scene.c  (working copy)
318@@ -7623,7 +7623,7 @@
319       /* update all gadgets first (single-threaded since they're thread-unsafe) */
320       rec = NULL;
321       while(ListIterate(I->Obj, rec, next)) {
322-        if((rec->obj->type == cObjectGadget)) {
323+        if(rec->obj->type == cObjectGadget) {
324           if(rec->obj->fUpdate)
325             rec->obj->fUpdate(rec->obj);
326         }
327Index: layer2/ObjectMolecule.c
328===================================================================
329--- layer2/ObjectMolecule.c (revision 4073)
330+++ layer2/ObjectMolecule.c (working copy)
331@@ -1448,7 +1448,7 @@
332   int NPHIH, MPHIA, NHPARM, NPARM, NNB, NRES;
333   int NBONA, NTHETA, NPHIA, NUMBND, NUMANG, NPTRA;
334   int NATYP, NPHB, IFPERT, NBPER, NGPER, NDPER;
335-  int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX, NMXRS, IFCAP;
336+  int MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX = 0, NMXRS, IFCAP;
337   int NEXTRA, IPOL = 0;
338   int wid, col;
339   float BETA;
340@@ -2076,7 +2076,7 @@
341 
342     if(IFBOX > 0) {
343 
344-      int IPTRES, NSPM, NSPSOL;
345+      int IPTRES, NSPM = 0, NSPSOL;
346 
347       if(amber7) {
348         p = findflag(G, buffer, "SOLVENT_POINTERS", "3I8");
349@@ -4431,7 +4431,7 @@
350   AtomInfoType *ai;
351   int n, nn;
352   float v[3], v0[3], d;
353-  CoordSet *cs;
354+  CoordSet *cs = NULL;
355   int ok = true;
356 
357   ok &= ObjectMoleculeUpdateNeighbors(I);
358@@ -9768,7 +9768,7 @@
359                        CoordSet * cs, int bondSearchFlag, int aic_mask, int invalidate)
360 {
361   PyMOLGlobals *G = I->Obj.G;
362-  int *index, *outdex, *a2i, *i2a;
363+  int *index, *outdex, *a2i, *i2a = NULL;
364   BondType *bond = NULL;
365   register int a, b, lb = 0, ac;
366   int c, nb, a1, a2;
367@@ -10552,7 +10552,7 @@
368                 rms = MatrixFitRMSTTTf(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL, op->ttt);
369               else
370                 rms = MatrixGetRMS(G, op->nvv1, op->vv1, vt, NULL);
371-              if((op->i1 == 2)) {
372+              if(op->i1 == 2) {
373                 ObjectMoleculeTransformTTTf(I, op->ttt, b);
374 
375                 if(op->i3) {
376Index: layer2/ObjectMolecule2.c
377===================================================================
378--- layer2/ObjectMolecule2.c  (revision 4073)
379+++ layer2/ObjectMolecule2.c  (working copy)
380@@ -3678,7 +3678,7 @@
381 #else
382   int ok = true;
383   ObjectMolecule *I = NULL;
384-  int discrete_flag;
385+  int discrete_flag = 0;
386   int ll;
387   (*result) = NULL;
388 
389@@ -4305,7 +4305,7 @@
390   register int a, b;
391   CoordSet *cs, **dcs;
392   AtomInfoType *atInfo;
393-  int *dAtmToIdx;
394+  int *dAtmToIdx = NULL;
395   int ok = true;
396   if(!I->DiscreteFlag) {        /* currently, discrete objects are never sorted */
397     int n_bytes = sizeof(int) * I->NAtom;
398Index: layer2/RepCartoon.c
399===================================================================
400--- layer2/RepCartoon.c (revision 4073)
401+++ layer2/RepCartoon.c (working copy)
402@@ -2615,7 +2615,7 @@
403 
404 #ifdef _PYMOL_CGO_DRAWARRAYS
405        int nverts = nAt * 4, pl = 0;
406-       float *vertexVals, *tmp_ptr;
407+       float *vertexVals = NULL, *tmp_ptr;
408        if (ok)
409          vertexVals = CGODrawArrays(cgo, GL_LINES, CGO_VERTEX_ARRAY, nverts);     
410        CHECKOK(ok, vertexVals);
411Index: layer2/RepDot.c
412===================================================================
413--- layer2/RepDot.c (revision 4073)
414+++ layer2/RepDot.c (working copy)
415@@ -192,7 +192,7 @@
416              ok &= CGOColorv(cgo, v);
417              v += 3;
418            }
419-           /*      if(normals)  /* NORMALS do not get set for points
420+           /*      if(normals)  NORMALS do not get set for points
421                    CGONormalv(cgo, v);*/
422            v += 3;
423            if (ok)
424@@ -210,7 +210,7 @@
425            I->shaderCGO = CGOOptimizeSpheresToVBONonIndexed(cgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + CGO_DRAW_SPHERE_BUFFERS_SZ);
426            CHECKOK(ok, I->shaderCGO);
427          } else {
428-           CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO;
429+           CGO *convertcgo = CGOCombineBeginEnd(cgo, 0), *tmpCGO = NULL;
430            CHECKOK(ok, convertcgo);
431            if (ok)
432              tmpCGO = CGOOptimizeToVBONotIndexed(convertcgo, CGO_BOUNDING_BOX_SZ + I->N * 3 + 7);
433@@ -344,7 +344,7 @@
434   float *countPtr = NULL;
435   int colorCnt, lastColor;
436   Vector3f v1;
437-  MapType *map;
438+  MapType *map = NULL;
439   SphereRec *sp = G->Sphere->Sphere[0];
440   int ds;
441   float max_vdw = MAX_VDW;
442Index: layer2/RepSphere.c
443===================================================================
444--- layer2/RepSphere.c  (revision 4073)
445+++ layer2/RepSphere.c  (working copy)
446@@ -2204,8 +2204,8 @@
447   int c = I->N;
448   SphereRec *sp = I->SP;
449   float alpha;
450-  int n_quad_verts;
451-  float radius;
452+  int n_quad_verts = 0;
453+  float radius = 0.0;
454   int ok = true;
455   short use_shader = SettingGetGlobal_b(G, cSetting_sphere_use_shader) &
456                      SettingGetGlobal_b(G, cSetting_use_shaders);
457Index: layer2/RepSurface.c
458===================================================================
459--- layer2/RepSurface.c (revision 4073)
460+++ layer2/RepSurface.c (working copy)
461@@ -3304,7 +3304,7 @@
462            if (ok)
463              convertcgo->use_shader = true;
464          } else if (I->Type == 2) {
465-           CGO *convertcgo2, *simple;
466+           CGO *convertcgo2, *simple = NULL;
467            convertcgo2 = CGOConvertLinesToShaderCylinders(I->shaderCGO, 0);
468            CHECKOK(ok, convertcgo2);
469            if (ok)
470@@ -4503,7 +4503,7 @@
471         }
472        ok &= !G->Interrupt;
473         if(ok) {
474-          MapType *map, *solv_map;
475+          MapType *map, *solv_map = NULL;
476           map = MapNewFlagged(G, I->maxVdw + probe_rad_more,
477                               I->coord, VLAGetSize(I->coord) / 3, NULL, NULL);
478          CHECKOK(ok, map);
479@@ -5747,7 +5747,7 @@
480                 SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
481                 if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
482                   if((!present) || present[j]) {
483-                    if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
484+                    if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
485                       float *v1 = coord + 3 * j;
486                       if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
487                         skip_flag = true;
488@@ -5842,7 +5842,7 @@
489                   SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
490                   if(j > a)     /* only check if this is atom trails */
491                     if((!present) || present[j]) {
492-                      if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {      /* handle singularities */
493+                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {      /* handle singularities */
494                         float *v2 = coord + 3 * j;
495                         if((v0[0] == v2[0]) && (v0[1] == v2[1]) && (v0[2] == v2[2]))
496                           skip_flag = true;
497@@ -6002,7 +6002,7 @@
498                   SurfaceJobAtomInfo *j_atom_info = atom_info + j;
499                   if(j > a)       /* only check if this is atom trails */
500                     if((!present) || present[j]) {
501-                      if((j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw)) {        /* handle singularities */
502+                      if(j_atom_info->vdw == a_atom_info->vdw) {        /* handle singularities */
503                         float *v1 = coord + 3 * j;
504                         if((v0[0] == v1[0]) && (v0[1] == v1[1]) && (v0[2] == v1[2]))
505                           skip_flag = true;
506Index: layer3/Executive.c
507===================================================================
508--- layer3/Executive.c  (revision 4073)
509+++ layer3/Executive.c  (working copy)
510@@ -15934,7 +15934,7 @@
511                           ExecutiveSpecSetVisibility(G, rec, true, mod, false);
512                           I->LastChanged = rec;
513                         }
514-                        if((mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL))) {
515+                        if(mod == (cOrthoSHIFT | cOrthoCTRL)) {
516                           if(rec != I->LastZoomed)
517                             ExecutiveWindowZoom(G, rec->name, 0.0F, -1, false, -1.0F,
518                                                 true);
519Index: layer3/PlugIOManager.c
520===================================================================
521--- layer3/PlugIOManager.c  (revision 4073)
522+++ layer3/PlugIOManager.c  (working copy)
523@@ -229,7 +229,7 @@
524                       ENDFB(G);
525                   }
526 
527-                  if(stop > 0 && cnt >= stop || max > 0 && ncnt >= max) {
528+                  if((stop > 0 && cnt >= stop) || (max > 0 && ncnt >= max)) {
529                     cs = NULL;
530                     break;
531                   }
532Index: layer3/Selector.c
533===================================================================
534--- layer3/Selector.c (revision 4073)
535+++ layer3/Selector.c (working copy)
536@@ -8660,11 +8660,11 @@
537     for(a = cNDummyAtoms; a < I->NAtom; a++) {
538       b = i_obj[i_table[a].model]->AtomInfo[i_table[a].atom].protons;
539       base[0].sele[a] = (
540-          b >  2 && b <  5 ||
541-          b > 10 && b < 14 ||
542-          b > 18 && b < 32 ||
543-          b > 36 && b < 51 ||
544-          b > 54 && b < 85 ||
545+          (b >  2 && b <  5) ||
546+          (b > 10 && b < 14) ||
547+          (b > 18 && b < 32) ||
548+          (b > 36 && b < 51) ||
549+          (b > 54 && b < 85) ||
550           b > 86);
551     }
552     break;
553Index: layer4/Cmd.c
554===================================================================
555--- layer4/Cmd.c  (revision 4073)
556+++ layer4/Cmd.c  (working copy)
557@@ -1853,7 +1853,7 @@
558 static PyObject *CmdGetRenderer(PyObject * self, PyObject * args)
559 {
560   PyMOLGlobals *G = NULL;
561-  char *vendor, *renderer, *version;
562+  char *vendor = NULL, *renderer = NULL, *version = NULL;
563   int ok = false;
564   ok = PyArg_ParseTuple(args, "O", &self);
565   if(ok) {
566Index: modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h
567===================================================================
568--- modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h (revision 4073)
569+++ modules/cealign/src/tnt/tnt_array1d.h (working copy)
570@@ -258,7 +258,7 @@
571 template <class T>
572 inline Array1D<T> Array1D<T>::subarray(int i0, int i1)
573 {
574-       if ((i0 >= 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
575+       if (((i0 >= 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
576        {
577                Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
578                X.n_ = i1-i0+1;
579Index: modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h
580===================================================================
581--- modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h (revision 4073)
582+++ modules/cealign/src/tnt/tnt_fortran_array1d.h (working copy)
583@@ -221,7 +221,7 @@
584 #ifdef TNT_DEBUG
585                std::cout << "entered subarray. \n";
586 #endif
587-       if ((i0 > 0) && (i1 < n_) || (i0 <= i1))
588+       if (((i0 > 0) && (i1 < n_)) || (i0 <= i1))
589        {
590                Fortran_Array1D<T> X(*this);  /* create a new instance of this array. */
591                X.n_ = i1-i0+1;
592Index: modules/pmg_tk/PMGApp.py
593===================================================================
594--- modules/pmg_tk/PMGApp.py  (revision 4073)
595+++ modules/pmg_tk/PMGApp.py  (working copy)
596@@ -203,7 +203,7 @@
597         self.fifo.put(cmmd)
598 
599     def my_show(self,win,center=1):
600-        if sys.platform!='linux2':
601+        if (sys.platform!='linux2') and (sys.platform!='darwin'):
602             win.show()
603         else: # autocenter, deiconify, and run mainloop
604             # this is a workaround for a bug in the
605@@ -221,7 +221,7 @@
606             win.deiconify()
607 
608     def my_withdraw(self,win):
609-        if sys.platform!='linux2':
610+        if (sys.platform!='linux2') or (sys.platform!='darwin'):
611             win.withdraw()
612         else:
613             win.destroy()
614