Ticket #33410: Portfile-samtools.diff

File Portfile-samtools.diff, 1.4 KB (added by mg13@…, 13 years ago)

Patch for samtools Portfile

  • Portfile

    old new  
    44PortSystem              1.0
    55
    66name                    samtools
    7 version                 0.1.17
     7version                 0.1.18
    88categories              science
    99platforms               darwin
    1010maintainers             gmail.com:haroldpimentel openmaintainer
     
    2020homepage                http://samtools.sourceforge.net/
    2121master_sites            sourceforge
    2222
    23 checksums               sha1    4d2ef4273d9f71cd1f504f43c596970845d78718 \
    24                         rmd160  0921e733358ccf01d316dff2b797957f4f2cfb7b
     23checksums               sha1    77be35df7a90c288a003ff826ba99aef53b2fbe6 \
     24                        rmd160  0301de58e31c7529a2535086be0cc7d93778ede8
     25
     26patchfiles              patch-Makefile.diff
    2527
    2628use_bzip2               yes
    2729
     
    2931
    3032use_configure           no
    3133
     34set archflags           [get_canonical_archflags cc]
     35set sdkroot             [portconfigure::configure_get_sdkroot]
     36set sdkroot_flags       ""
     37
     38if {${sdkroot} != ""} {
     39    set sdkroot_flags "-isysroot ${sdkroot}"
     40}
     41
     42build.env-append        CC=${configure.cc} \
     43                        CFLAGS="${configure.cflags} ${archflags} ${sdkroot_flags}"
     44
    3245destroot {
    3346    xinstall -m 755 ${worksrcpath}/samtools ${destroot}${prefix}/bin
    3447    xinstall -m 644 ${worksrcpath}/libbam.a ${destroot}${prefix}/lib